インボイス制度と調剤薬局：登録すべき？しなくてもいい？

令和5年10月から始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）。
多くの調剤薬局にとってはあまり馴染みのない制度ですが、近年はオンライン診療での自費調剤、老健施設向けの調剤、医薬品の小分け販売など、インボイス番号の有無を意識する機会が増えてきています。

「うちは登録した方がいいの？」「しなくても大丈夫？」と迷う経営者の方も多いでしょう。
ここでは、調剤薬局がインボイス制度に登録すべきかどうかを、税理士目線でわかりやすく解説します。

結論

ほとんどの調剤薬局はインボイス登録不要です。
ただし、老健施設や医療機関とのBtoB取引が多い場合や、自費診療・OTC販売が多い場合は登録を検討すべきケースがあります。

インボイス制度とは？

インボイス制度とは、インボイス登録を受けた事業者（適格請求書発行事業者）が発行する、一定の要件を満たした請求書（インボイス）をもとに、取引先が消費税の仕入税額控除を受けられる制度です。

• インボイス番号なし → 取引先は消費税の控除ができない

• インボイス番号あり → 登録事業者は消費税の納税義務が発生

調剤薬局の消費税の課税関係

保険調剤が中心の薬局では非課税売上が大半を占め、消費税の納税はほぼありません。
このため、インボイス登録によるメリットは限定的です。

登録しなくても困らないケース

• 売上の9割以上が保険調剤

• 医薬品仕入がほとんどで、課税売上に対応しない仕入が多い

• BtoC（一般顧客向け）の販売が中心で、取引先からのインボイス要求がない

登録した方がいいケース

• OTC・雑貨販売など課税売上が一定額以上ある

• 老健施設・医療機関向けに保険外の調剤や物品販売を行っている

• 取引先からインボイス番号を求められている

登録しない場合のデメリット

• 法人取引先から取引見直しを求められる可能性

• 契約更新時に不利になるケースがある

• 将来課税売上が増加した際に改めて登録が必要になる

登録タイミング

登録申請から承認までは約2か月かかります。
今後の事業計画や取引先の意向を踏まえ、「必要かも」と思ったら早めに準備しましょう。
※開業時を除き、遡っての取得は不可。

まとめ

調剤薬局は非課税売上が中心ですが、OTC販売や外部とのBtoB取引が多い場合は登録が必要になることもあります。
迷った場合は、顧問税理士に現状を整理してもらい、最適な判断をしましょう。