個人経営の調剤薬局は注意！青色申告特別控除が最大75万円に

個人で調剤薬局を経営されている先生にとって、青色申告特別控除は所得税負担に大きく影響する制度のひとつです。

令和8年度税制改正により、令和9年分（2027年分）以後の所得税から青色申告特別控除の制度が見直され、一定の要件を満たした場合には最大75万円の控除が受けられる予定です。

一方で、これまでと同じやり方を続けていると控除額が下がるケースもあります。

今回は調剤薬局を経営されている先生向けに、改正内容のポイントを解説します。

青色申告特別控除とは？

青色申告特別控除とは、一定の要件を満たした個人事業主が受けられる所得控除です。

控除額が増えるほど課税所得が減るため、所得税や住民税の負担軽減につながります。

個人で薬局を経営している場合や、法人化前の薬局経営者にとっては見逃せない制度です。

改正後の控除額はどうなる？

令和9年分以後は、概ね次のような区分となる予定です。

控除額	主な要件
75万円	複式簿記＋e-Tax申告＋優良な電子帳簿保存
65万円	複式簿記＋e-Tax申告
10万円	簡易簿記など一定の場合

これまで複式簿記で帳簿を作成していた先生でも、申告方法や帳簿保存の方法によっては控除額に影響が出る可能性があります。

75万円控除のポイント

75万円控除を受けるためには、

・複式簿記で帳簿を作成すること
・e-Taxで確定申告を行うこと
・仕訳帳や総勘定元帳を優良な電子帳簿として保存すること

などの要件を満たす必要があります。

近年はクラウド会計を導入する薬局も増えていますが、会計ソフトを利用しているだけで自動的に75万円控除になるわけではありません。

電子帳簿保存法上の要件を満たした運用が求められます。

e-Taxを利用していれば65万円控除

75万円控除の要件までは満たしていなくても、

・複式簿記で記帳している
・e-Taxで申告している

場合には65万円控除の適用が可能です。

そのため、多くの個人薬局にとっては、まず65万円控除を維持することが現実的な目標になるでしょう。

紙申告を続けている場合は確認を

これまで紙で確定申告を行っていた先生は注意が必要です。

改正後は電子申告が前提となるため、紙申告を継続した場合には控除額が大きく変わる可能性があります。

特に長年同じ方法で申告を行っている場合は、一度現在の申告方法を確認しておくことをおすすめします。

薬局経営ならではの注意点

調剤薬局では、

・レセプト請求データ
・医薬品の仕入データ
・在庫管理データ
・キャッシュレス決済データ

など、多くの情報が電子化されています。

しかし、これらのデータが電子化されていることと、青色申告特別控除75万円の要件を満たしていることは別の話です。

税務上必要な帳簿が適切に保存されているかどうかを確認することが重要になります。

75万円控除を目指す場合は運用の見直しも

75万円控除を受けるためには、帳簿の作成だけでなく保存方法も重要になります。

そのため、

・紙中心で経理を行っている
・会計入力をまとめて依頼している
・電子帳簿保存の設定を確認したことがない

といった場合には、一度現在の運用を見直してみるのもよいでしょう。

実際にどのような対応が必要になるかは、利用している会計ソフトや経理体制によって異なります。

まとめ

令和9年分以後は、青色申告特別控除が最大75万円となる予定です。

一方で、申告方法や帳簿保存の方法によっては、これまでと同じ控除を受けられなくなる可能性もあります。

個人で調剤薬局を経営されている先生は、制度改正の内容を早めに確認し、自院の経理体制でどの控除額が適用できるのかを把握しておくことをおすすめします。

※本記事は現時点で公表されている情報をもとに作成しています。青色申告特別控除75万円の詳細な要件や運用については、今後、国税庁から通達やQ&A等が公表される可能性があります。特に電子帳簿保存の具体的な取扱いについては、実務上の運用が明確になることで解釈が変わる場合もあります。そのため、本記事は現時点で判明している範囲での解説となります。実際の適用にあたっては、今後公表される最新情報をご確認ください。