調剤薬局の在庫管理と税務処理｜棚卸・評価・廃棄の実務ポイントを税理士が解説

調剤薬局の経営において、在庫管理は利益を左右する重要なポイントです。
在庫は「持っているだけで安心」な反面、管理を誤ると 資金繰り悪化・税務リスク に直結します。

本記事では、
実務面（現場運用） と 税務面（決算・申告） の両方から、在庫管理の最適化について解説します。

 調剤薬局の在庫管理が難しい理由

調剤薬局の在庫には、他業種にはない特徴があります。

• 医薬品ごとに 使用期限 がある

• 薬価改定により 評価額が変動 する

• 処方内容に左右され、需要予測が難しい

• 高額薬剤が多く、少量でも金額が大きい

このため
「在庫はあるのにお金がない」
という状況が起こりやすくなります。

実務面：適正在庫を維持するための考え方

在庫は「回転率」で見る

在庫量そのものではなく、在庫回転率 が重要です。

• 回転率が低い
  → 売れ残り・期限切れ・廃棄リスク

• 回転率が高すぎる
  → 欠品・緊急発注による仕入単価上昇

目安

• 定番薬：安定供給できる最小限

• 高額薬：原則スポット対応＋在庫最小化

高額薬剤は個別管理する

高額薬剤を他の在庫と一括管理すると、問題が見えにくくなります。

• 高額薬剤は リスト化

• 処方予定・使用実績と突合

• 使用後は速やかに在庫確認

これだけでも、キャッシュフローは大きく改善します。

廃棄・返品ルールを明確にする

• 使用期限切れ

• 破損・品質劣化

• 処方変更による不要在庫

これらを
「なんとなく処理」していると、会計処理が曖昧になります。

誰が・いつ・どの基準で判断するか
を決めておくことが重要です。

税務面：棚卸資産としての正しい扱い

決算時の在庫は「棚卸資産」

決算日時点で残っている医薬品は、
すべて棚卸資産（在庫） となります。

• 仕入時点では経費にならない

• 販売・使用された時点で経費化

この考え方を誤ると、
利益が実態よりも少なく（または多く）見える ことになります。

在庫評価の基本

原則として、調剤薬局では

• 最終仕入原価法
  が用いられるケースが多いです。

つまり
「期末時点での直近の仕入単価 × 数量」
で評価します。

使用期限切れ・陳腐化した在庫の扱い

使用期限切れや明らかに使用不能な医薬品は、
一定の条件を満たせば 評価減・廃棄損 として処理できます。

ポイントは以下です。

• 実際に廃棄していること

• 廃棄記録が残っていること

• 恣意的な評価減ではないこと

写真・廃棄記録・一覧表などを残しておくと、税務上も安全です。

在庫管理と資金繰りの関係

在庫は「資産」ですが、現金ではありません。

• 在庫が増える
  → 仕入代金の支払いが先行
  → 現金が減る

特に調剤薬局では、

• 薬価差益が小さい

• 保険請求の入金までタイムラグがある

という構造上、
在庫過多＝資金繰り悪化 につながりやすくなります。

会計・税務と連動した在庫管理が重要

理想的なのは、

• 現場：在庫回転・期限管理

• 経理：在庫金額・評価管理

• 税務：適正な利益計算

が連動している状態です。

在庫管理を
「現場だけの問題」
「決算のときだけの作業」
にしてしまうと、経営判断が遅れます。

税理士から見た実務上のアドバイス

調剤薬局でよくあるのが、

• 在庫は毎年「だいたい同じ」

• 金額が合わないので調整している

• 廃棄はしているが記録がない

というケースです。

これは、
税務調査で必ず確認されるポイント でもあります。

日常の在庫管理を少し整えるだけで、

• 利益が正確になる

• 税務リスクが下がる

• 資金繰りが安定する

という効果が期待できます。

まとめ

• 在庫管理は「利益」と「資金繰り」の両方に直結

• 調剤薬局特有の事情を踏まえた管理が必要

• 実務と税務を切り離さずに考えることが重要

在庫管理を見直したい、
決算時の在庫処理に不安がある、
という場合は、早めの整理が結果的に負担を減らします。