調剤薬局M&A・売却の実務と税務 ― 後継者不在でも選べる出口戦略

少子化や後継者不足の影響で、調剤薬局でも「事業承継」のあり方が変わってきています。
そのなかで増えているのが、M&A（売却）による承継です。

「子どもが薬剤師ではない」「親族に継ぐ人がいない」「従業員にも後継候補がいない」
そんなときに、調剤薬局を売却して事業を継続させるという選択肢があります。

本記事では、調剤薬局のM&A・売却の実務と税務上の注意点を整理していきます。

なぜ調剤薬局M&Aが増えているのか？

• 後継者不在問題：親族内承継が難しいケースが増加

• チェーン薬局の拡大戦略：規模拡大のための買収需要

• 地域医療の維持：廃業では患者や従業員に影響が大きいため、売却で事業を残すケースが多い

👉 「廃業よりM&Aのほうが地域にも従業員にも優しい」ため、売却が現実的な選択肢になっています。

調剤薬局M&Aの主な方法

1. 株式譲渡

• 法人薬局の株式を買い手に譲渡

• 店舗・従業員・許認可をそのまま承継できる

• 手続きが比較的シンプル

2. 事業譲渡

• 店舗・従業員・在庫など、事業の一部を譲渡

• 不要な資産や負債を切り離せる

• 許認可・契約の移転手続きが必要

税務上のポイント

株式譲渡の場合

• 売却益に対して譲渡所得課税（約20%）がかかる

• 個人株主か法人株主かで税率・処理が異なる

事業譲渡の場合

• 売却資産ごとに税務処理が必要（薬品在庫、設備、不動産など）

• 消費税課税の対象になる場合がある

• 譲渡益に法人税がかかる

👉 どの方法を選ぶかで税額が大きく変わるため、税理士と早めのシミュレーションが必須です。

売却の流れ（実務）

1. 薬局の企業価値評価

   • 売上・利益・処方箋枚数・立地・薬剤師人数などで評価

2. 買い手候補とのマッチング

   • チェーン薬局、地域薬局、M&A仲介業者のネットワーク

3. 条件交渉（価格・雇用継続・契約関係）

   • 売却額だけでなく、従業員雇用や賃貸契約の引き継ぎも重要

4. 契約締結・クロージング

   • 株式譲渡契約／事業譲渡契約の締結

調剤薬局オーナーが準備しておくべきこと

• 財務諸表の整理（粉飾や不明瞭な経費はマイナス評価）

• 許認可・契約関係の確認（賃貸借契約・薬剤師雇用契約など）

• 在庫・資産の棚卸し

• 税務面の事前シミュレーション

メリットとデメリット

メリット

• 後継者不在でも事業を残せる

• まとまった資金を確保できる

• 従業員の雇用や地域医療を守れる可能性

デメリット

• 買い手の経営方針次第で、従業員や患者に影響

• 売却益に課税が発生

• 条件交渉に時間がかかる

まとめ

• 調剤薬局のM&Aは、後継者不在の時代に有力な出口戦略

• 株式譲渡と事業譲渡では、税務処理・メリットデメリットが異なる

• 早めに専門家（税理士・M&A仲介）と相談し、準備を進めることが成功のカギ

調剤薬局を「廃業する」か「残す」かはオーナーの大きな決断です。
M&Aという選択肢を理解し、地域医療と従業員を守る承継を考えてみましょう。